１８８８年秋、ロンドン。医者のヘンリー・ジキルは、セント・ジュード病院の最高理事会に臨んだ。長年研究を続けてきた、「人間の善と悪を分離する薬」の人体実験の許可を得るためだった。すべては精神のコントロールを失った父を救うため。ひいては人類の幸せと科学の発展にも寄与できるとジキルは確信するが、婚約者エマの父ダンヴァース卿、そして友人のアターソンから「死神よりも危険な理論だ」と忠告される。二人の危惧は的中、上流階級の面々が集う理事会で、ジキルの要求はほとんど一方的に却下された。
その夜、リージェント・パーク地区のダンヴァース卿邸では、ジキルとエマの婚約パーティーが開かれた。そこに出席した理事会のメンバーは、この婚約を快く思ってはいない。なかでも、秘書官のストライドはエマに結婚を考え直すように迫るが、エマとジキルは強い愛情の絆で結ばれていた。
パーティーを逃れ、ジキルはアターソンに誘われるまま、カムデンタウンにある娼館も兼ねるパブ"どん底"を訪れる。そこには蠱惑的な娼婦ルーシーがいた。その場の雰囲気にとまどっているジキルに、ルーシーは甘くささやく。「私で試してみたら？」その言葉に、ジキルは自ら開発した薬を"自分で試す"という解決法を見出す。
ハーレー・ストリートの自宅に戻ったジキルは薬を服用。ほどなく体に異変が起こる。頭痛、恍惚感、痛みが全身を貫き、呼吸困難に･･･。ジキルの心と体は、エドワード・ハイドに変わった。「自由だ！」－ハイドは叫び、ロンドンの夜の闇の中へ出てゆく。
それから1週間。ジキルはエマやアターソンとも会おうとしなかった。ある日、ルーシーの体の傷を治療した彼は、加害者がハイドであることを知り、愕然とする。いっぽう街中では理事会のメンバーが次々に惨殺されていった。エマとの結婚式が近づく中、ジキルは、ハイドをほとんど制御できなくなってゆくのを感じていた。
アターソンにすべてを打ち明けた彼は、ルーシーの身を案じ、「ロンドンからすぐに立ち去るように」との手紙を託すのだった･･･。