ザルツブルクの宮廷楽士であるレオポルト・モーツァルトとその娘ナンネールは、錚々たる名士たちが集まる貴族の館で、今、幼い息子がピアノを弾くのを目の当たりにしている。5歳にして作曲の才能が花開いたその子ヴォルフガング・アマデウス・モーツァルトは、"奇跡の子"と呼ばれていた。

歳月は流れて、ヴォルフガングは故郷ザルツブルクで音楽活動を続けている。傍にはいつも、奇跡の子と呼ばれた頃のままの “才能の化身・アマデ”が寄り添い、作曲にいそしんでいた。しかし、青年ヴォルフガングは、ザルツブルクの領主であるコロレド大司教に仕えて作曲をすることに嫌気がさしていた。「大司教に逆らうな」という父と意見が衝突。ついには自分を束縛する大司教に、怒りを爆発させてしまう。

ヴォルフガングは名声と自由な音楽活動を求めて、母親と共にザルツブルクを出るが、幼い時のように持て囃されることはなかった。逆に旅費を使い果した上に、旅先で母を亡くしてしまう。失意のうちに故郷に帰ってきたヴォルフガングは、幼少から彼の音楽の才能を見抜いていたヴァルトシュテッテン男爵夫人の援助を受けて、ウィーンで音楽活動をする決意をあらたにする。ヴォルフガングはウィーンに移り住み、知人のウェーバー一家の娘であるコンスタンツェとの愛情を急速に深めていく。しかし、コロレド大司教の謀略によって、演奏の機会をことごとく絶たれてしまう。ヴォルフガングは再び大司教と対決し、二人の関係はついに決裂する。

大司教との決裂後、ヴォルフガングはウィーンの社交界で話題を呼んでいた。コンスタンツェとも結婚、仕事も精力的にこなし、ヴォルフガングにとって故郷に残してきた父と姉の存在がどんどん薄くなるのだった。レオポルトは息子の成功を誇りに思う反面、その思い上がりを感じ取る。しかしヴォルフガングは父の苦言を聞き入れようとしない。二人はついに心を通い合わせることなく、レオポルトはウィーンを後にする。

そして、オペラ『魔笛』を成功させ音楽家としての頂点を極めるヴォルフガングの前に、謎の人物が現れ『レクイエム』の作曲を依頼するのだが…。