舞台は市街が９つのエリアに区分され、厳格なる階級制度が敷かれている架空の都市。２００年の歴史を誇る全寮制のプライムスクールに入学した１６歳のダーウィン・ヤング（大東立樹／渡邉 蒼）は、教育部長官のニース・ヤング（矢崎 広）を父に持つエリートだが、この世界の厳格な階級制度に疑問を抱いている。同じ考えを持つレオ・マーシャル（内海啓貴）と出会い、心を通わせた二人は、骨董品交換会で、古びたフードと、カセットプレイヤーを交換する。

３０年前に１６歳で何者かに殺害されたジェイ・ハンター（石井一彰）の追悼式典の場、感動的なスピーチをするニースの傍らで、ジェイの弟であるジョーイ・ハンター（染谷洸太）は大袈裟な式典を催すことに不満を漏らしている。ジョーイにとってこの３０年は、常に兄のジェイと比較され、劣等感を抱き続けてきた３０年間だったからでもある。ニースは、ジェイとともに同級生で親友同士でもあったバズ・マーシャル（植原卓也）から声をかけられ、ドキュメンタリー映画の監督としてプライムスクールの撮影をすることになったので、息子のダーウィンの協力を仰ぎたいと相談をもちかけられる。

そんな折、ダーウィンは密かに恋心を寄せている同級生のルミ・ハンター（鈴木梨央）から、力を貸してほしいと依頼される。好奇心旺盛で頭脳明晰なルミは、伯父であるジェイの部屋で見つけたアルバムの中から、１枚だけ写真が消えていることに気づいた。ジェイの死の真相に迫る《何か》が写っていたはずの写真の謎を突き止めるため、ダーウィンはルミと行動を共にすることに。

この世界の最下層エリアである第９地区、膨大なデータが眠る国立図書館、ダーウィンとルミは、謎解きの旅の中で少しずつ真相に迫っていく。

６０年前に起きた「１２月革命」。その革命のリーダーだった 「額に大きな傷がある少年」、その特徴と奇妙に符合するダーウィンの祖父であるラナー・ヤング（石川 禅）・・・。

さらに、ラナーが第９地区の出身でありながら、第１地区の教育部長官にまで上り詰めた父ニースの知られざる過去。

真相に近づくに従い、ダーウィンの祖父と父が、それぞれ闇に葬った秘密が明らかにされていく。殺害されたジェイ・ハンターの死の真相は？古びたフードとカセットプレイヤーに隠された秘密は？そして、タイトルが暗示する「悪の起源」とは何を意味するのか？すべてを知った時にダーウィンが選んだ道は？

親子孫の三世代の運命が交錯する、壮大なる人間ドラマが今、始まる―。